Constituyen el conjunto más vistoso y emblemático de la colección. Fueron pintadas entre 1854 y 1881 por Antonio Raimondi y sus colaboradores, los artistas franceses Dumontel y Garnier. Estas piezas representan, con gran precisión y detalle, la belleza y diversidad de la flora peruana. En ellas convergen la historia del arte y la historia de las ciencias en el Perú del siglo XIX.