El Museo Raimondi abrió sus puertas el 12 de junio de 1981en el tradicional campus del colegio italiano del Cercado de Lima. Esta primera sede ocupó un edificio con acceso directo desde la avenida Petit Thouars 1090.
Su colección está integrada principalmente por documentos del naturalista milanés, así como por algunos de sus objetos personales. Se conformó a partir de dos fuentes principales: la donación que realizó Elvira Raimondi en agosto de 1930, durante la ceremonia de inauguración de la escuela italiana de Lima, nombrada en honor a su padre; y la donación de los hermanos Juan y Amadeo Calvo en 1964, que constituye la mayor parte del acervo actual del museo.
Hoy, la sede original alberga a la Scuola dell’Infanzia del colegio Dante Alighieri. Su primer director fue el historiador del arte José Ugarte Pierrend. Actualmente, el museo tiene su sede en el edificio administrativo del campus del Colegio Italiano Antonio Raimondi, en La Molina.
El Museo Raimondi es una institución reconocida oficialmente por el Estado peruano, miembro fundador de la Asociación de Museos del Perú (AMP) e integrante del Consejo Internacional de Museos (ICOM). En este marco, desarrolla labores de conservación, investigación y difusión de la obra del naturalista más destacado de la República.